ФНС разъяснила, что в рамках УСН специальную ставку НДС 5 или 7% следует применять в течение не менее 12 последовательных кварталов начиная с периода, за который подана первая декларация с этой ставкой. При этом доходы не должны превышать установленные НК РФ значения. Нельзя одновременно применять специальные и общие ставки.
Выбранная ставка должна применяться ко всем операциям. Не допускается использование разных ставок в зависимости от того, кто является покупателем.
При применении ставки 5% можно выставлять счет-фактуру со ставкой 20%, если плательщик является налоговым агентом по НДС (например, при приобретении товаров у иностранной организации, при покупке сырых шкур животных, лома, отходов черных и цветных металлов, вторичного алюминия, макулатуры у лиц, применяющих ставку 20%). В таких случаях в книге продаж организации на УСН могут быть отражены специальная и общая ставка НДС.